Агент 47

Италия
47-й отказывается от работы киллера и отправляется на поиски себя. Он уезжает на Сицилию и пытается замолить грехи, устроившись работать садовником в храм Гонтранно под покровительством отца Эмилио Витторио. Клон также делает щедрое пожертвование на нужды храма и поселяется на его территории. 47-й настолько сближается с отцом Витторио и тот становится его духовным наставником и другом.

Отрывок из исповеди 47-го:
47-й: Я совершал ужасные вещи... я... я убил... много людей. За деньги... из-за невежества... из-за ненависти... по злому умыслу...

Витторио: Дитя моё, я неплохо тебя знаю. Ты хороший человек. Я видел, как ты ухаживаешь за садом... Я знаю, что ты пожертвовал много денег на благо церкви. Твоя душа на правильном пути.

47-й: Но отче, я не отсюда. Я не из этого мира. Разве может бог простить меня?..

Витторио: Не волнуйся, сын мой. Когда придёт твоё время, у него найдётся место и для тебя. Просто храни бога в сердце. А сейчас я должен идти. Оставайся здесь и помолись.

Внезапно сицилийская мафия похищает Витторио. Отчаявшись, 47-й снова обращается в Агентство, в котором он ранее работал и просит помощи в поиске Витторио. МКА соглашается помочь, но взамен он должен выполнить ряд заказов. Так лысый клон вновь становится киллером, как он считает, на время. С помощью своих спутников Агентство обнаруживает, что Витторио держат в особняке местного мафиозного дона Джузеппе Джуллиани. 47-й проникает в особняк, чтобы освободить Витторио, а по пути убивает дона Джулиани. Однако найти Витторио не удается и оператор от МКА Диана сообщает, что священника тащили несколько бородатых русских в военной форме.

Россия
Вскоре 47-й выполняет новую череду заданий в Санкт-Петербурге. Ему приходится убить четырёх русских генералов, которые мешали делам заказчика. Первым был убит снайперским выстрелом генерал, имя которого не разглашается, на специально подстроенной встрече в Доме Пушкина. Следующей целью сталгенерал Макаров, который решил начать расследование предыдущего убийства и привлечь своего знакомого криминального авторитета Игоря Кубаско. Но на их встречу в парке Кирова приходит 47-й и убивает обоих несмотря на внушительное количество силовиков. Третьим становится Михаил Бардаченко, который засел в подземном бункере на Невском проспекте. После происшествий в Доме Пушкина и в парке Кирова Бардаченко становится параноидальным и начинает арестовывать всех, кого считает подозрительным, иногда превышая свои полномочия. Так под был пойман агент Смит, по неизвестным причинам, находившийся в Петербурге. 47-ой проник в бункер, и ликвидировав Бардаченко, освободил Смита. Последний генерал по имени Владимир Зубков в страхе решает бежать в Германию, прихватив кейс с системой наведения ядерного оружия, который собирается продать клиенту из НАТО. Но он остаётся на последнюю вечеринку в посольстве Германии, что становится его главной ошибкой. 47-й убивает его и похищает кейс, однако выясняется, что система наведения уже находится у японского криминального авторитета Масахиро Хаямото.

ЯпонияПосле миссий в России 47-й отправляется в Японию, чтобы сначала убить Масахиро Хаямото младшего. Отравив его с помощью рыбы фугу, он помещает в тело передатчик, при помощи которого Агентству удаётся отследить Хаямото старшего, главу Якудзы и Ямагути-гуми.
Далее происходят события миссий «Таинственная долина», «У ворот» и «Поединок сегунов», где 47-ой подбираемся ближе к замку, минуя снайперов и ниндзя Хаямото, отключает сигнализацию и наконец проникает в замок, где убивает Хаямото и встречает старую знакомую Лею Линг.

Малайзия
После убийства Хаямото, 47-й получает задание в Малайзии, на убийство глав Карниварез, братьев Сиджан: Чарли Сиджана и его брата-близнеца, так как у них была программа, способная отключить систему ПРО США. Сначала агент проникает в подвал, где сидел брат Сиджана, затем на верхние этажи башен, где установил жучок на сервере, а потом перебрался на другую башню, где при помощи подъемника забрался в пентхаус Чарли. На миссии «Работа в джакузи» Агент 47 помимо убийства Сиджана также ворует нефритовую статуэтку и деньги, чтобы это выглядело как простое ограбление.

Афганистан
Следующая страна, куда отправился Агент 47 — Афганистан. Двое офицеров армии восточного Афганистана, лейтенант Ахмед Захир и полковник Мухаммед Амин носят при себе карту с расположением важного груза, а также ключ, который тоже необходимо забрать. Следующей жертвой становится шейх Абдул Бисмала Малик, который собирается продать груз заказчика представителям ООН и который едет на бронированном лимузине. С помощью связного 47-й получает оружие и убивает цель. Последней задачей является проникнуть на подземную базу и убить офицера Юзефа Хуссейна, а также забрать груз. После идёт кат-сцена, где группа солдат и офицер прилетают на вертолёте и забирают груз.

Однако во время остановки на вертолёт нападают сектанты и клон 17 , которые убивают охрану. Груз достаётся лидеру сектантов по имени Девана Джи. Клиент решил наказать бывшего партнёра, а ныне предателя и снова обратился в МКА. 47-й пришёл в город, где узнал у связного МКА о местоположении Смита. Смит рассказывает, что на него открыли охоту индийские ассассины и просит 47-го убить их, а взамен покажет путь на остров. На острове, 47-й встречается с доктором и высокопоставленным членом культа Ханнелор фон Кампрад и убивает её. После этого агент приходит в больницу к лидеру секты Джи и убивает его прямо на операционном столе. За убийство Джи Агент 47 получает рекордные $450.000, в связи с чем Диана охарактеризовала эту миссию как «самоубийство» (даже после успеха с Хаямото). Когда 47-й собирается уходить, на него совершает покушение Агент 17.

Позже по новостям говорят, что в Индии нашли ядерные боеголовки и их владелец — Сергей Заворотко, известный террорист и видный представитель русского криминального мира. От ООН поступает заказ и, чтобы получить расположение организации, МКА решает сделать исключение из своего правила «Не убивать своих бывших клиентов» и отправляет Агента 47 в Санкт-Петербург, чтобы убить Сергея. Причем на то самое место, где был убит экс-генерал КГБ. Однако это все было подстроено. Винтовка 47-го была не заряжена, а патроны, которые 47-й нашёл недалеко от «снайперского гнезда» были холостыми. А вот патроны винтовки Агента 17, который поджидал 47-го, были настоящими. Поэтому Агент 47 врывается в дом Пушкина и убивает своего брата. По наушнику лысый киллер вступает в переговоры с Заворотко и понимает, что он вместе с отцом Витторио находится в их храме на Сицилии.

ФиналВ финале Агент 47 возвращается в храм Гонтранно, где убивает Сергея Заворотко и всех его людей. 47-й принимает то, что ему суждено быть убийцей и расстаётся с Витторио, чтобы больше не подвергать его опасности. Он снимает с себя крестик и покидает храм.