Агент 47

Игра начинается с контракта в парке развлечений Балтимора, где 2 года назад из-за поломки колеса обозрения погибло много людей. В январе 2004 отец одной из жертв сделал заказ Агентству на убийство бывшего директора парка, которого по странному стечению обстоятельств оправдали на суде. 47-й, сбежав от европейских конкурентов в США, с радостью соглашается выполнить этот контракт.

Осень 2005. Репортёр известной газеты приезжает к бывшему директору ФБР и тайному лидеру преступной организации «Франчайз» по имени Александер «Лиланд» Кейн, чтобы взять интервью по поводу недавнего нападения на Белый дом, но тот использовал согласие на интервью, как предлог для того, чтобы рассказать о таинственном Агенте 47. Они начинают обсуждать действия 47-го за последние два года (2004—2006). Александер рассказывает репортёру о том, как он охотился на 47-го, поскольку якобы боялся, что недобропорядочные люди могут использовать его для создания целой армии идеальных клонов, однако игрок вскоре понимает: то, что рассказывает Александер, несколько не соответствует реальным событиям. Рассказчик заявляет репортёру, что однажды ему наконец удалось выйти на 47-го.

Киллеров Агентства убивают одного за другим. Диана вынуждена закрыть закрыть одно из подразделений МКА. 15 августа 2005 Агент 47 уезжает из Лас-Вегаса после очередного задания, но встречает старого знакомого – агента ЦРУ Смита. Тот предлагает 47-му важнейшую миссию, за которую он заплатит семизначную сумму — Агент 47 должен убить вице-президента Дэниела Морриса и клона-альбиноса Марка Парчецци III, готовящих покушение на президента США. Они оба связаны с теневой организацию, занимающейся клонированием людей, которая желает монополизировать этот рынок, а президент со своим желанием легализовать клонирование может сильно помешать этим планам. Агенту удаётся выполнить задание 22 сентября, которое позже назовут «Атакой на Белый дом».

Оперативники врага начинают охотиться на 47-го, и он вынужден спрятаться в своём убежище в Балтиморе. Вскоре его без предупреждения навещает Диана, которая говорит, что знает, как избавиться от «Франчайза». Она обманом вкалывает ему яд и вниз спускается группа оперативников, чтобы забрать тело. Становится ясно, что Диана перешла на сторону Александера "Лиланда" Кейна. После своего рассказа Кейн клянётся репортёру, ему, наконец, удалось захватить легендарного убийцу (рассказывая, что 47-й погиб, перелезая через высокую стену). В качестве доказательства он отвозит репортёра на похороны 47-го, которые как раз проходят в это время в часовне.

Тело 47-го лежит в гробу в окружении охраны. Диана тайком наносит себе что-то на губы, подходит к нему, кладёт ему на грудь пистолеты Silverballer и целует. Становится понятно, что «яд», который она ввела 47-му, не настоящий, а на губах у неё антидот (с помощью такого «яда» 47-й ранее вызволил из клиники агента Смита). Агент приходит в себя, встаёт, и появляется задание убить всех в округе, чтобы не осталось ни одного свидетеля его существования и, тем более, "воскрешения". Если нет, то тело 47-го опускают вниз и кремируют. По канону Агент 47 расправляется с Кейном, репортёром, местным священником и охраной и покидает территорию часовни.

Через некоторое время после этой бойни, Диана, видимо, вновь открывает Агентство, и любуется гаванью Копенгагена. Она получает звонок от кого-то, кого она называет «Ваше Величество», и отвечает ему, что след 47-го пропал. В это время 47-й в потрёпанном борделе разговаривает с китайцем в традиционной одежде, который уводит его за кулисы, в это время экран темнеет и идут титры.