Агент 47

Тренировки
Для того, чтобы устроится в Агентство, 47-й должен был показать себя с хорошей стороны и пройти несколько тестов в Тренировочный центре МКА под наблюдением Дианы Бёрнвуд и главного инструктора Агентства Содерса. Для этого были воссозданы старые задания других агентов. Первым задание стало «устранение» успешного вора Кэлвина Риттера, вторым — «устранение» шахматиста Джаспера Найта (которое выполнил сам Содерс в 1979 году). 47-й успешно справился с обоими испытаниями, после чего Эрих Содерс зачисляет его в ряды МКА, возлагая на Диану всю ответственность.

Убийство священника
Одним из первых заданий для 47-го стала миссия на безымянном острове. Целью для 47-го были убийство священника и похищение Библии, как доказательство того, что он достоин места в МКА. Он завершил задание и покинул остров на лодке.

Столкновение в Руинах Зистоса
Первое официальное задание отправило 47-го на Руины Зистоса где-то в Египте. Его миссия была проста: добыть золотую статую и покинуть территорию. Тем не менее, солдаты узнали о визите 47-го и заблокировали его единственный выход, вынуждая киллера отправиться в город через джунгли, где, убив стражника, он покидает зону миссии на вертолете MKA.

Ли Хонг
Спустя год, как 47-й покинул лечебницу, через МКА ему дают несколько контрактов на убийство. Первые три контракта имели цель начать войну триад «Синий Лотос» и «Красный Дракон». Убийство представителя «Красного Дракона» в парке «Чиу Дай» имело цель натравить «Дракона» на «Лотоса», так как встреча происходила на территории «Лотоса». Затем, когда «Лотос» направил людей в ресторан «Ванг Фу», чтобы заключить перемирие, однако произошло массовое убийство, в котором погибли представитель «Синего Лотоса» и несколько силовиков. Тогда триада восприняла это как ответный удар «Дракона». Война триад была не на руку коррумпированному комиссару полиции, и тот решил устроить переговоры на нейтральной территории в ресторане «Чунг Чо» под охраной полицейсих. Но 47-й убивает комиссара и оставляет в туалете ресторана амулет «Красного Дракона», в результате чего полиция обвиняет в убийстве триаду Ли Хонга и перестаёт её покрывать. На четвёртой миссии происходит финальное убийство Ли Хонга. Агент 47 пробирается в хорошо охраняемый ресторан Хонга, и отравив его телохранителя, добирается до первого из своих "отцов". Попутно он знакомится с местной проституткой по имени Мэй Линг и помогает ей бежать, за что получает поцелуй.

Пабло Очоа
Через некоторое время ему заказывают колумбийского наркобарона Пабло Очоа. Поскольку точное местонахождение его базы неизвестно, Агента высаживают где-то в районе лагеря. 47-й возвращает священный идол местному племени индейцев и спасает брата вождя от наёмников Очоа, а благодарные индейцы показывают ему путь. По пути 47-й сталкивается с ягуаром Тескатлипока, который является богом смерти у племени У'ва. В конце концов 47-й приходит в особняк Очоа, который, находясь под действием наркотиков, решил познакомить его со своим «маленьким другом», но всё равно погибает.

Франц Фукс
После смерти Очоа 47-го посылают в отель «Галард» в Венгрии, где необходимо срочно предотвратить теракт. Братья Фукс во главе с Францом Фуксом решили взорвать бомбу на саммите ООН, который должен пройти в отеле в ближайшие дни. Фриц Фукс, выдавая себя за стоматолога, хранил бомбу в рентгеновском кабинете. Однако братья были застигнуты лысым киллером врасплох и убиты. Их главной ошибкой было малое количество телохранителей, хотя это всё равно бы их вряд ли спасло, как не спасло Ли Хонга и Очоа.

Аркадий Егоров
Позже Агент 47 отправился в порт Роттердама (Нидерланды), где ему предстояло убить оружейного барона Аркадия Егорова, известного под псевдонимом «Борис Дерюжка». Он подкладывает жучок в кейс с деньгами и под видом байкера отдаёт его Ивану Зилвановичу, посланнику Аркадия, тем самым отследив местоположение последнего. После этого он проникает на базу через наёмников и убивает Бориса, заодно обезвредив ядерную боеголовку.

Отто Ортмайер
Как оказалось, все предыдущие убийства были заказаны одним и тем же человеком, но под разными именами, что сообщает Диана. Для 47-го приготовлен ещё один заказ от, вроде бы, того же самого человека. Нужно убить доктора Одона Ковака, который работает в психиатрической лечебнице в Румынии. Однако, когда 47-й проходит в лечебницу, санитар сообщает начальнику, который, в свою очередь, звонит в полицию и требует прислать «всех, кого можно». Тем временем, Агент 47 пробрался к Коваку в кабинет и узнаёт его. Ученый сразу не признаёт свое творение, но после вопроса "Это вы были человеком с иглой, правда?" Ковак узнал лысого клона и понял, что Орт-Майер его предал. Перед смертью Одон вскричал, что именно Ортмайер является настоящим виновником бесчеловечных экспериментов. Как только Агент убивает Ковака, в здание врывается спецназ. 47-му нужно бежать и он встречает агента Смита — непутёвого агента из ЦРУ, который также работает на МКА. Его держат в состоянии наркотического опьянения в лечебнице. Смит просит найти противоядие, а взамен обещает показать вход в секретные подвалы лечебницы. Далее становится ясно, что эта миссия была засадой, устроенной создателем 47-го, доктором Ортмайером. Доктор хочет вернуть его в лабораторию ни смотря ни на что. Кроме того, он создал клонов второго класса (которые долго не живут и явно уступают по умственным способностям) под кодовым названием «48-е», которые атакуют 47-го. Наш клон вступает с ними в бой и, перестреляв всех, находит Ортмайера. Доктор начинает успокаивать 47-го и приближается к нему, скрывая электрошокер в руке. В этот момент на выбор игрока даются две концовки: